İshal vakalarının büyük bir kısmı viral enfeksiyonlardan kaynaklanır. Bu nedenle çoğu durumda antibiyotik tedavisi gerekli değildir.

Antibiyotikler yalnızca bakteriyel enfeksiyonların tedavisinde etkilidir. Viral enfeksiyonlarda antibiyotik kullanımı fayda sağlamaz ve hatta bağırsak mikrobiyotasını bozarak durumu kötüleştirebilir.

Antibiyotik tedavisi şu durumlarda gerekebilir:

• bakteriyel enfeksiyon doğrulanmışsa
• ağır enfeksiyon belirtileri varsa
• bağışıklık sistemi zayıfsa
• kanlı ishal görülüyorsa

Antibiyotik kullanımı mutlaka doktor kontrolünde yapılmalıdır. Gereksiz antibiyotik kullanımı antibiyotik direnci gelişimine yol açabilir.