Antibiyotikler yalnızca bakteriyel enfeksiyonlarda etkilidir. Viral gastroenteritlerde kullanımı gereksiz ve zararlıdır.

• Gerekli durumlar: Shigella, Salmonella, Campylobacter ağır vakalar
• Yan etkiler: Disbiyozis, antibiyotik ilişkili diyare, direnç gelişimi
• Alternatif tedavi: Sıvı desteği, probiyotikler, enterosorbentler