Bağırsaklar bağışıklık sisteminin önemli bir parçasıdır. İnsan bağışıklık hücrelerinin büyük bir bölümü bağırsak mukozasında bulunur.

İshal sırasında bağırsak bariyeri ve mikrobiyota değişebilir. Bu durum bağışıklık sisteminin işleyişini etkileyebilir.

Bağırsak mikrobiyotası bağışıklık sistemi ile sürekli etkileşim halindedir. Bu nedenle bağırsak sağlığının korunması genel bağışıklık

fonksiyonu için önemlidir.